根據《國家稅務總局關于企業所得稅有關問題的公告》（國家稅務總局公告2016年第80號）第一條規定，關于企業差旅費中人身意外保險費支出稅前扣除問題：企業職工因公出差乘坐交通工具發生的人身意外保險支出，準予企業在計算應納稅所得額時扣除。

因此，員工出差乘坐交通工具發生的人身意外保險支出，準予扣除。